染色质状态测试

信息概要

染色质状态测试是一种先进的表观遗传学检测技术，用于分析染色质的结构、修饰状态和功能特性，包括组蛋白修饰、DNA甲基化和染色质可及性等。该项目对于研究基因表达调控、细胞分化、疾病机制（如癌症和神经退行性疾病）以及药物开发具有重要意义，能够提供全面的表观遗传信息，支持科研和临床诊断。本检测服务通过高通量方法确保数据准确性和可靠性，帮助客户评估样本的染色质动态变化。

检测项目

组蛋白H3K4me1修饰水平，组蛋白H3K4me3修饰水平，组蛋白H3K9me3修饰水平，组蛋白H3K27me3修饰水平，组蛋白H3K36me3修饰水平，组蛋白H3K79me3修饰水平，组蛋白H4K20me3修饰水平，DNA甲基化整体水平，CpG岛甲基化状态，染色质开放区域，核小体定位，染色质环结构，Hi-C交互频率，组蛋白乙酰化水平，DNA羟甲基化程度，染色质压缩状态，组蛋白磷酸化状态，染色质边界元件，增强子活性，启动子可及性，异染色质区域，常染色质区域，染色质域结构，拓扑关联域，组蛋白泛素化水平，DNA甲基化特异性位点，染色质重塑因子结合，组蛋白变体分布，染色质纤维状态，表观遗传时钟，染色质可及性评分，组蛋白修饰富集度，DNA甲基化模式，染色质相互作用强度，核小体占据率，表观遗传漂变，染色质状态转换

检测范围

人类外周血单核细胞，小鼠胚胎干细胞，果蝇唾液腺，拟南芥叶片，肝癌细胞系，乳腺癌组织，神经元细胞，植物根尖组织，细菌染色质，酵母细胞，鱼类胚胎，哺乳动物肝脏，肿瘤样本，干细胞衍生细胞，昆虫卵巢，哺乳动物脑组织，植物种子，人类皮肤细胞，小鼠心脏组织，果蝇胚胎，哺乳动物肺组织，植物愈伤组织，人类免疫细胞，小鼠脂肪组织，鸟类红细胞，哺乳动物肾脏，植物花粉，人类肠上皮细胞，小鼠骨髓，鱼类肝脏，哺乳动物胰腺，植物茎部，人类癌细胞系，小鼠神经组织，昆虫血淋巴，哺乳动物脾脏

检测方法

ChIP-seq（染色质免疫沉淀测序，用于全基因组范围检测特定组蛋白修饰或蛋白质结合位点）

ATAC-seq（转座酶可及染色质测序，用于评估染色质可及性和开放区域）

WGBS（全基因组亚硫酸氢盐测序，用于高分辨率分析DNA甲基化模式）

Hi-C（高通量染色体构象捕获，用于研究三维基因组结构和染色质相互作用）

MNase-seq（微球菌核酸酶测序，用于分析核小体定位和染色质结构）

ChIP-chip（染色质免疫沉淀芯片，用于通过微阵列检测组蛋白修饰）

MeDIP-seq（甲基化DNA免疫沉淀测序，用于富集和测序甲基化DNA区域）

FAIRE-seq（甲醛辅助分离调控元件测序，用于鉴定开放染色质区域）

DNase-seq（DNase I超敏感位点测序，用于映射染色质可及性位点）

ChIA-PET（染色质相互作用分析配对末端标签测序，用于研究远程染色质环）

RRBS（简化代表性亚硫酸氢盐测序，用于经济高效地分析CpG岛甲基化）

CUT&Tag（切割和标签技术，用于原位检测蛋白质-DNA相互作用）

MNase-ChIP（微球菌核酸酶辅助染色质免疫沉淀，用于结合核小体定位和组蛋白修饰分析）

ChIP-exo（染色质免疫沉淀外切酶测序，用于高精度映射转录因子结合位点）

SCAR-seq（单细胞染色质可及性测序，用于在单细胞水平分析染色质状态）

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000高通量测序仪，Thermo Fisher Q Exactive质谱仪，BD FACSCanto流式细胞仪，Agilent 2100生物分析仪，NanoDrop分光光度计，Bio-Rad CFX实时PCR系统，Covaris超声破碎仪，Diagenode Bioruptor，10x Genomics Chromium系统，Pacific Biosciences Sequel测序仪，Oxford Nanopore MinION，Applied Biosystems 3500遗传分析仪，Beckman Coulter CytoFLEX，Zeiss LSM 880共聚焦显微镜，PerkinElmer Operetta高内涵成像系统