转录组测序检测

信息概要

转录组测序检测是一种通过高通量测序技术对细胞中所有RNA分子进行定性和定量分析的方法，能够全面揭示基因表达水平、发现新转录本、分析可变剪接事件等。该检测在生物医学研究、疾病机制探索、药物开发和个性化医疗中具有重要作用，可帮助识别生物标志物、理解基因调控网络。第三方检测机构提供专业服务，确保数据准确可靠，涵盖从样本处理到生物信息学分析的全流程。

检测项目

基因表达定量,差异表达分析,基因富集分析,通路分析,可变剪接分析,基因融合检测,新转录本预测,SNP calling,Indel检测,表达谱聚类,主成分分析,相关性分析,时间序列分析,样本间比较,基因集富集分析,网络分析,代谢通路分析,转录因子分析,miRNA靶标预测,lncRNA分析,circRNA鉴定,转录本组装,质量评估,标准化处理,批次效应校正,outlier检测,多重假设检验校正,可视化分析,报告生成,数据归档

检测范围

人类转录组,小鼠转录组,大鼠转录组,斑马鱼转录组,果蝇转录组,线虫转录组,酵母转录组,植物转录组,水稻转录组,拟南芥转录组,细菌转录组,真菌转录组,病毒转录组,癌症组织,正常组织,血液样本,脑组织,肝脏组织,心脏组织,肺组织,肾脏组织,干细胞,原代细胞,细胞系,肿瘤样本,炎症组织,发育阶段样本,药物处理样本,环境应激样本,转基因样本

检测方法

RNA提取：使用试剂盒从生物样本中分离总RNA，确保RNA完整性和纯度。

RNA质量检测：通过分光光度计或生物分析仪评估RNA浓度和完整性指数。

rRNA去除：采用探针杂交或酶学法去除核糖体RNA，以富集mRNA。

聚A筛选：利用 oligo-dT 磁珠选择带聚A尾的mRNA分子。

片段化：通过化学或超声方法将RNA或cDNA打断成适宜测序的大小。

逆转录：使用逆转录酶将RNA转换为cDNA。

末端修复：对cDNA末端进行修复，确保平末端结构。

加A尾：在cDNA末端添加腺嘌呤核苷酸，便于接头连接。

接头连接：连接测序专用接头，用于文库构建。

PCR扩增：通过聚合酶链反应扩增文库，增加测序模板量。

文库质检：使用生物分析仪或qPCR检测文库质量和浓度。

上机测序：在高通量测序仪上进行测序反应，生成原始数据。

原始数据质控：评估测序数据的质量分数、GC含量和重复率。

序列比对：将测序reads比对到参考基因组或转录组。

表达定量：计算基因或转录本的表达水平，如FPKM或TPM值。

检测仪器

Illumina NovaSeq 6000,Illumina HiSeq 2500,Illumina MiSeq,Oxford Nanopore MinION,PacBio Sequel,离心机,分光光度计,生物分析仪,实时荧光定量PCR仪,核酸提取仪,电泳仪,显微镜,恒温箱,超低温冰箱,液氮罐